單位填寫《申請書》后，應按以下程序提交：
一、申請單位應向其上級主管部門或所在地的?。▍^、市）國防科技工業管理部門或地市級以上保密行政管理部門提出申請意向書；
二、經審核同意后，方可按申報等級向有關審查認證機構提出正式申請；
1、須經其上級主管部門審核的主要是指教育部、工業和信息化部、中國科學院、軍工集團公司所屬企事業單位；
2、其他企事業單位，報所在地?。▍^、市）國防科技工業管理部門或所在地的地市級以上保密行政管理部門審核；
三、審核包括三方面內容：
1、《申請書》的填寫是否符合《辦法》規定,填寫內容是否屬實；
2、申請單位是否符合《辦法》規定的基本條件，申請材料是否符合有關規定；
3、申請的保密資格等級是否以承擔的科研生產項目或產品涉及的最高密級為準；
四、審核部門經審核后，對是否同意申請提出審核意見，加蓋印章，并退送申請單位；
五、申請單位將審核同意的《申請書》直接報送到有關軍工保密資格認證委，正式提出申請。其中，申請一級保密資格的單位直接將《申請書》報送到國家軍工保密資格認證委，申請二級、三級保密資格的單位直接將《申請書》報送到所在地?。▍^、市）軍工保密資格認證委；
六、國家或?。▍^、市）軍工保密資格認證委收到申請單位《申請書》后，交由國家或?。▍^、市）軍工保密資格認證辦，由其組織書面審查，在10個工作日內作出是否受理的決定；
七、對不符合要求的，不予受理，并向申請單位書面說明理由，將申請材料退回申請單位；
八、對決定受理的單位，將在30個工作日內組成現場審查組進行現場審查。
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